自营官方旗舰店跟旗舰店的区别是：
1、认证途径不同：
自营旗舰店是指生产厂家自己经营的旗舰店；官方旗舰店指的是经生产厂家官方认可旗舰店。
2、销售方式不同：
自营店就是销售平台的供货商；而官方旗舰店就是品牌方开的店铺 ，象征着品牌 。
3、销售渠道不同：
自营就是厂家卖给店家，以后店家再卖给消费者；品牌方开的旗舰店就是由厂家卖给消费者。
4、物流不同：
自营店是从商家那里采购回来放在仓库，用自己的物流配送，速度比较快，有问题上门取件会给更换；官方旗舰店一般是入驻的商家，有第三方物流，相对会慢一些。
5、毛利润不同：
自营店利润低， 账期久；官方旗舰店无假货，利润相对高。
自营旗舰店特点作用：
一、权威性。有效肃清假冒伪劣产品，起到以正视听的作用。
二、身份明确。维护消费者的知情权益。
三、经营稳定。长期经营不是短期行为，能有效维护自身形象及消费者利益。
四、值得信赖。能让网购者真正放心购物，明白购物。
五、成本低，效率高。这是一般网店所具有的特点，作为官方网店效果更明显。